Оперативна структура се воспоставува за секоја компонента или програма на ИПП/IPA за да се занимава со управувањето и со спроведувањето на помошта според ИПП/IPA. Оперативната структура е тело или збир тела во рамките на администрацијата на земјата корисник. Оперативната структура е одговорна за управување и за спроведување на предметната програма или програми на ИПП/IPA во согласност со принципот на стабилно финансиско управување.