Платежната агенција спроведува мерки според заедничката земјоделска политика и мерки според националната земјоделска политика. Една платежна агенција извршува функции на: примање, контролирање и одобрување на побарувањата, сметководство и извршување на исплати, контрола на самото место и се грижи за правилно управување со помош на внатрешна ревизија. Во Република Македонија тоа е Агенцијата за финансиска поддршка на земјоделството и руралниот развој (АФПЗРР).
